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        ★國家級科研機構

           水文水資源與水利工程科學國家重點實驗室

           水資源高效利用與工程安全國家工程研究中心

        ★省部級科研機構

           淺水湖泊綜合治理與資源開發教育部重點實驗室

           海岸災害及防護教育部重點實驗室

           巖土力學與堤壩工程教育部重點實驗室

           南方地區高效灌排與農業水土環境教育部重點實驗室

           水利水電工程安全教育部工程研究中心

            疏浚技術教育部工程研究中心

           可再生能源發電技術教育部工程研究中心

            江蘇省交通基礎技術工程研究中心

           江蘇省巖土工程技術工程研究中心

           江蘇省循環經濟工程中心

           江蘇省水災害監控與決策支持系統工程中心

           東部資源環境與持續發展研究中心

           江蘇省輸配電裝備技術重點實驗室

           江蘇省大型工程地基基礎穩定性與安全監控工程技術研究中心

           江蘇省建筑物裂縫控制工程技術研究中心

           水利經濟研究所

           水利部水工金屬結構安全檢測中心

           水利部水庫移民經濟研究中心

           水利部人力資源研究院

           水利政策法制研究與培訓中心

           江蘇省水資源與可持續發展研究中心

           江蘇企業國際化發展研究基地—江蘇省決策咨詢基地

           教育部城市環境與可持續發展聯合研究中心

            水利部水力發電工程重點實驗室

            水利部結構力學與水工結構工程重點實驗室

            水利部巖土工程重點實驗室

            水利部機電控制及自動化重點實驗室

            水利部河口海岸工程重點實驗室

           水利部節水園區

        ★國際合作科研機構

           中德水資源研究所

            中港水利建設3S技術應用聯合實驗室

            中-荷環境巖土工程合作研究中心

           中加瞬變流仿真與控制研究中心

            中德海岸工程研究所

            中美全球變化與水循環聯合研究中心

           中荷水研究中心

        ★市級科研機構

           南京市土工合成材料工程研究中心

            常州市數字化制造技術重點實驗室

           常州市輸配電及節電技術重點實驗室

           州市傳感網與環境感知重點實驗室

           南通河海大學海洋與近海工程研究院

        ★校內主要研究機構

        新材料新能源研究開發院

        高等教育研究所

        水文預報研究所

        工程水文及水文氣象研究所

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